Глава Института техно-космических исследований (ИТКИ) Синтия Утром посылает отряд солдат для поимки взбунтовавшегося учёного Бакстера Стокмана, создавшего мутаген, чтобы собрать свою собственную семью мутировавших животных, начав с комнатной мухи. Люди Утром вмешиваются в эксперимент Стокмана и провоцируют взрыв, в котором учёный погибает, в то время как мутаген попадает в канализацию Нью-Йорка.

Проходит пятнадцать лет. Четверо братьев-черепах — Микеланджело, Леонардо, Рафаэль и Донателло — всё это время росли в канализации под опекой своего приёмного отца, крысы Сплинтера, после того, как все пятеро подверглись воздействию «мути» — мутагена Стокмана — и стали мутантами-гуманоидами. Тот факт, что Сплинтера не принимали люди, заставил его не доверять человечеству и обучать сыновей искусству ниндзюцу, позволяя им покидать канализацию только для вылазок за продуктами. Ныне, будучи подростками, черепахи желают жить как нормальные школьники, что пугает Сплинтера.